Stephan Thomas verteilt seine berufliche Aktivität auf vier Bereiche: Das künstlerische Orgelspiel, die Musikpädagogik, das Komponieren und den Kulturjournalismus.

Als Konzertorganist tritt er regelmässig mit Rezitals und als Solist auf. Dazu betreut er die von ihm 1993 gegründete Reihe "Churer Orgelkonzerte", in deren Rahmen bis heute gegen 170 Veranstaltungen stattgefunden haben, wo international bekannte Interpreten auf den historischen Orgeln der Stadt Chur aufgetreten sind. Seit 1989 ist er Organist der reformierten Stadtkirche St.Martin und der Regulakirche in Chur.

Als Musikpädagoge unterrichtet er auf verschiedenen Stufen. Dabei liegt der Schwerpunkt auf seinem Lehrauftrag an der Pädagogischen Hochschule Graubünden in Chur, ergänzt durch kleinere Pensen an der Musikschule St.Gallen, der Kirchenmusikschule St.Gallen und der Kirchenmusikschule Aargau in Wettingen.

Als Komponist pflegt Stephan Thomas verschiedene Genres. Neben avantgardistischen Werken hat er in jüngerer Zeit vermehrt Gebrauchsmusik und Studien in bestehenden Stilen geschrieben.

Als Kulturjournalist arbeitet er für verschiedene Publikationen, namentlich "Musik&Theater". Dazu kommen wissenschaftliche und publizistische Artikel, zuletzt Beiträge über die Komponisten Armon Cantieni und Gion Antoni Derungs im Bündner Jahrbuch. Für dieses ist er zudem seit 2017 als Redaktor für die musikalischen Beiträge tätig. In zunehmendem Masse schreibt Stephan Thomas auch über Wein und Gastronomie.

Er widmet seine Freizeit dem Wandern und Biken in Alpstein, Jura und Voralpen, den Gaumenfreuden sowie den Weinen, besonders jenen aus dem Burgund, dem Piemont, der Champagne und der Schweiz.